法源：空污法第二十八條
《空氣污染防制法》第二十八條規定，公私場所固定污染源使用的燃料及輔助燃料，含生煤或其他中央主管機關指定公告者，應符合中央主管機關所定燃料種類混燒比例及成分標準，並申請取得直轄市、縣（市）主管機關核發的使用許可證，才能使用；使用情形應作成紀錄並依規定申報。
申請、審查、核發與申報細節，規定在環境部《固定污染源設置操作及燃料使用許可證管理辦法》。
誰要申請、誰不用
辦法第三條規定，固定污染源使用生煤或其他經依第二十八條指定公告的燃料，應申請燃料使用許可證。但有兩種情形不在此限：
- 僅使用石油煉製業煉製販售、符合國家標準的石油製品。
- 每年總設計、實際燃料使用量低於五百公斤或五百公升。
所以一般使用符合國家標準的燃料油、柴油的鍋爐，若只用這類石油製品，就不屬於須申請的範圍；車用汽油、柴油也與這張許可證無關。
向誰申請
燃料使用許可證的審核機關是直轄市、縣（市）主管機關，也就是地方環保局；地方主管機關可以再委託其他機關辦理審查及核發。申請須依中央主管機關公告的電子網路傳輸方式辦理。
應備文件
辦法第二十四條規定，申請時應填具申請表，並檢具：
- 目的事業主管機關核准設立、登記或營運的相關證明文件影本。
- 燃料的種類、成分及用量。
- 生產製程流程圖說。
- 空氣污染收集設施、防制設施的種類及流程。
- 其他經中央主管機關指定的文件。
若同時須申請固定污染源操作許可證，應在申請操作許可證時一併提出，相同文件不必重複。
每季申報使用量
領有燃料使用許可證者，應依規定的電子網路傳輸方式，於每年一月、四月、七月及十月底前，向直轄市、縣（市）主管機關申報前季燃料使用量（辦法第二十六條）。
燃料異動怎麼辦
辦法第二十八條規定，燃料使用與許可證記載不符時，應重新申請：
- 燃料種類或使用量異動：應於異動前依申請及核發程序辦理，並檢具異動所需的工程期程等文件。
- 改用低污染性燃料、增設、拆除或停止使用產生空氣污染的設施或防制設施：應於事實發生後三十日內檢附證明文件申請。
有效期間與展延
空污法第三十條規定，許可證有效期間為五年；期滿仍須繼續使用者，應於屆滿前三至六個月內申請展延，核准展延的有效期間為三年以上五年以下（部分違規等情形可縮短）。
辦法第三十條規定，申請展延燃料使用許可證時，應檢具一年內最近一次的檢測報告或其他足以說明符合規定的證明文件。
撤銷或廢止
辦法第五十二條列出審核機關得撤銷或廢止許可證的情形，例如申請文件虛偽不實、停工或停業一年以上等。完整情形請查閱辦法條文。
與空污費的關係
使用燃料的工廠通常也屬於固定污染源，須依空污法繳納空氣污染防制費。燃料用量與成分資料，也是主管機關查核排放量的依據之一，可參考本站空污費的文章。
轉換更乾淨的燃料
許多工廠把燃煤鍋爐改為天然氣或其他低污染燃料。依辦法，改用低污染性燃料屬於事後三十日內申請的異動類型，業者規劃時可先洽地方環保局確認程序。
查詢官方資料
- 全國法規資料庫：空氣污染防制法、固定污染源設置操作及燃料使用許可證管理辦法。
- 地方環保局：實際受理申請與查核的窗口。